mmm...que programa estas usando para mezclar???
quizas tengas que configurar algo en el soft no en el hardware...
osea, si tu placa es 5.1 y la configuraste en 4.1, por el master (salida que tiene un color verde en la parte de atras) tiene que salir un canal y por el "rear" (salida de color celeste en la parte de atras) debería salir el otro canal perfectamente.
ojo! cuando yo usaba soft para mezclar, usaba el NUMARK CUE, al cual despues de configurar la placa, tenia que meterme en la configuracion de sonido del PROGRAMA para indicarle como lo iba a usar, pero en las opciones aparecia directamente "external mixer" y listo, el sonido salia perfecto.
fijate eso, porke mepa que en el traktor no era tan facil la configuracion...
espero haberte ayudado...

PD: de ultima, intestaste hacer la prueba cambiando el cable que sacas para cada canal?, quizas te estas rompiendo el coco y resulta ser (suele pasar) que se te halla jodido el PLUG o la conexion de éste y tengas el cabla funcionando en mono...